История Bayer началась в 1863 году, когда торговец Фридрих Байер и мастер-красильщик Иоганн Весткотт образовали в немецком городке Бармене (теперь это один из районов крупнейшего промышленного центра — Вупперталя) компанию «Friedr. Bayer et comp», которая занялась производством синтетических красителей.
В 1881 году компания преобразовалась в акционерное общество «Farbenfabriken vorm. Friedr. Bayer&Co». Бизнес шел успешно, о чем свидетельствует тот факт, что первоначально на предприятии было занято всего три работника, а к 1881 году численность работающих выросла в 100 раз.
Первое предприятие по производству ализариновых красителей появилось в Москве в 1876 году. Экспорт продукции Bayer удовлетворял около 75% российского спроса на искусственные красящие вещества. Однако из-за высоких пошлин на ввоз готовой продукции в 1883 году было принято решение о расширении производства в России. Владимир Столяров, потомственный купец из Москвы, представлявший компанию с декабря 1882 года, взял в аренду на свое имя фабрику, располагавшуюся недалеко от центра города. В январе 1884 года фабрика была куплена. В 1885 году Владимир Столяров под залог в 120,000 рублей оформил права собственности на красильное производство. Кредитором по сделке выступил доктор Теодор Бётингер. Для осуществления продаж красителей была специально учреждена новая компания, получившая название «Bergmann&vom Scheidt». В 1897 году компания открыла собственное агентство по продажам, и в том же году была официально учреждена компания «Friedr. Bayer&Co» в Москве.
В течение следующих пятнадцати лет компании удалось увеличить свои обороты три раза, в том числе благодаря красящим веществам для солдатского сукна.
Объемы производства постепенно увеличивались, и в 1898, 1906 и 1908 годах были приобретены участки земли для расширения производственных мощностей.
С 1912 года предприятие начало производить фармацевтические препараты. Благодаря широкому спектру предлагаемых в России продуктов продажи Bayer в России в то время находились на втором месте в мире, уступая лишь США.